空氣能熱水器主要是冷凝器及管道中的水垢，一般采用化學法清除，固體除垢劑和液體除垢劑兩種，以整個系統循環來清除水垢。首先確定系統所存的冷卻水量，計算出所需化學除垢劑藥品的數，再液體除垢濟放入水桶中完全溶解后加入系統，再排清集水盤中的水，徹底清除淤泥污物，關閉泄水閥，注入清水，開啟水泵，讓水循環，這樣使系統循環運行長時間使水垢完全溶解后將廢液排放到下水道，并用清水沖洗系統。整個過程簡單又快，不會影響到水質影響健康。

其實空氣能熱水器品牌好的話這些除垢方法跟本用不上的，空氣能熱水器本身在進水口安裝了過濾器，這樣可以過濾凈化水中的雜質防止水垢的產生，還具有殺菌的功效。還有水箱下面都有排污口，三個月或者半年用冷水沖洗水箱內部排污一次，包括套管 和內膽內側。這樣使用做好保養8年10年都沒問題。

水冷冷凝器主要是水垢的影響。在制冷空調系統中，常采用再循環水系統。從冷凝器來的溫水經管道送入冷卻塔，水在冷卻塔降溫后由水泵送入冷凝器中循環使用。水垢是由碳酸氫鹽的熱分解所產生的溶解性很低的碳酸鹽（主要是鈣鹽和鎂鹽）形成的。對于長期使用的水冷式冷凝器，其管內會產生很厚的水垢，嚴重影響冷凝器的換熱效果，導致冷凝壓力上升。因此對水垢應加以清除。

加入除垢劑后使系統循環運行。由于水垢多數以碳酸鹽為主，因而運行這么長時間就能使水垢溶解并使系統達到所需的清潔度。清除工作結束后將廢液排放到下水道，并用清水沖洗系統。當容器表面結了垢后，如何清除呢，一般用帶酸性的溶濟和專業處理濟可以較好的清除。